Eu acho que você poderia criar uma partição do Gentoo, montá-la em algum lugar do sistema de arquivos para poder acessá-la enquanto executa o Ubuntu, então chroot
e fazer a compilação no ambiente chrooted. Isso é basicamente o que você faz como parte da instalação do Gentoo. (O disco de instalação nada mais é que um LiveCD mínimo do Gentoo que você usa para configurar um ambiente de trabalho para que você possa fazer o download de coisas.)
Na verdade, você nem precisa do disco de instalação do Gentoo, já que você já tem um ambiente Linux em funcionamento. Dê uma olhada nas instruções alternativas de instalação e desça até a seção 5, "Instalando o Gentoo a partir de um Linux existente distribuição ".