Isso ocorre porque a tecla Enter do teclado numérico envia um comando diferente, em seguida, a tecla Enter do teclado. Você poderia mapear globalmente a chave para enviar o comando normal Return / Enter, mas entender que isso afetará como a chave também funciona em todos os outros programas.
Veja algumas dicas sobre como remapear a chave em X- Windows usando xmodmap ou no console / terminal usando loadkeys . Você provavelmente deseja mapear o código de tecla 104 ("KP_Enter") para o comando "Retornar".