Se você estiver copiando o conteúdo apenas para vinculá-lo imediatamente depois, por que não apenas gerar os hardlinks imediatamente? O Link Shell Extension facilita esse trabalho específico.
Se houver uma razão pela qual você precisa passar por essa sequência específica de ações, o autor do LSE também escreveu uma ferramenta de linha de comando chamada dupemerge para fazer quase exatamente o que você está perguntando.
Uma coisa a ter em mente é que o NTFS não faz semântica "copy-on-write" para hardlinks. Se algo modificar o conteúdo de um arquivo, todas as versões com hardlink são imediatamente "atualizadas", já que são essencialmente entradas de diretório para a mesma extensão de dados no disco. Além disso, muitos programas fazem um procedimento "salvar em arquivo temporário, excluir original, renomear temp em nome antigo" em vez de sobrescrever um arquivo, o que efetivamente quebra outros hardlinks para os dados, já que eles estão apontando para a antiga extensão de dados.