Quando você inicia o servidor MySQL, você pode especificar --datadir, então você provavelmente poderia criar scripts para que o MySQL usasse os dados no pen drive.
Eu recentemente instalei um servidor WAMP portátil no meu pendrive. Muito legal, eu posso fazer alguma programação php no laptop windows7 da minha namorada sem instalar nada nela.
Eu também tenho um ambiente LAMP no meu computador Linux.
Quando eu conecto meu stick USB na minha caixa linux, eu posso facilmente mount -o bind /usbstick/wwwfolder ~/public_html e trabalhar no meu script php a partir daí.
Mas a minha pergunta é, existe uma maneira que eu poderia obter o banco de dados do servidor MySql do meu stick USB, para rodar no meu servidor Linux MySQL? Então eu posso modificar o esquema de base de dados da minha estação de trabalho Linux, fazendo alguns INSERTOS em algumas tabelas, e então plub meu pen drive no laptop e obter meu banco de dados atualizado rodando a partir do ambiente portátil?
Eu não sei onde / como o MySql armazena seus bancos de dados.
EDIT: Basicamente, eu quero "montar" o banco de dados do pendrive no servidor MySQL do meu Linux, sem extrair e importar os dados, então há apenas UM banco de dados usado para AMBOS os ambientes. Espero que isso ajude a esclarecer a questão.
Se você está fazendo algum tipo de desenvolvimento leve, eu recomendo que você use o sqlite ao invés do mysql. Você pode simplesmente copiar o arquivo e não se preocupar com o banco de dados. Se você tiver uma camada de abstração de banco de dados, isso pode ser feito com bastante facilidade.
Usar um USB Flash Stick para um banco de dados MySQL é uma péssima idéia. Você está garantido para perder esses dados. Um pendrive USB tem tantas leituras / gravações. Leia sobre Nivelamento do Desgaste do Flash Drive