O Pidgin foi projetado intencionalmente para não roubar o foco da janela. Seria bom se houvesse uma opção para deixar, mas atualmente não existe. Eu pessoalmente acho que os clientes de mensagens instantâneas que roubam o foco são muito irritantes, já que eles distraem do meu fluxo de trabalho, mas cada um para o seu próprio.
O que você pode fazer é configurar o Pidgin para definir o estado da janela como "necessitado" quando uma nova mensagem chegar. Isso fará a janela e o ícone da barra de tarefas piscar até que você dê foco. Geralmente isso é suficiente para chamar minha atenção. No Pidgin 2.7.0 existe um bug que impede que o piscar funcione corretamente, mas que foi corrigido no 2.7.1, por isso certifique-se de estar executando a última versão.