FYI, a resposta de doug aqui parece ter resolvido o problema para mim. Várias horas agora sem nenhum problema. Usando Synergy pesadamente também, que sempre foi uma maneira de fazê-lo desaparecer.
A essência: gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.cursor active false
Obrigado pela sugestão modprobe
, no entanto. Isso tornou a questão pelo menos tolerável!