Uma resposta básica é que eles usam diferentes "wrappers" ao redor do Eclipse para interagir com o sistema operacional do host.
Existe uma versão do SWT (o kit de ferramentas GUI usado pelo Eclipse) que funciona com o Carbon e uma versão que funciona com o Cocoa - portanto, sua escolha não é tanto uma opção de versões do Eclipse, qual versão do SWT você prefere.
As vantagens do Carbono são que ele é mais rápido e mais maduro, então, tecnicamente, ele deve ser mais estável. No entanto, o Carbon tem sido mais ou menos atualizado com o plano da Apple de não fazer a transição para 64 bits e fazer com que os desenvolvedores utilizem sua API Cocoa.
As vantagens do Cocoa são uma melhor integração e recursos extras gratuitos disponíveis em todo o sistema operacional (por exemplo, verificação ortográfica, vários atalhos nas caixas de diálogo Abrir / Salvar), melhor suporte a Espaços, etc.). versão de bits, se você quiser, mas vai exigir um processador de 64 bits (o que, se você tiver um Mac Intel, é praticamente garantido que você tem - apenas alguns modelos fornecidos com processadores de 32 bits)