Atualmente, o Kitematic suporta apenas a conexão com o daemon do Docker no Docker para Windows / Mac ou a máquina do docker "padrão".
Este é o problema relevante do github (até onde eu posso dizer) onde foi proposto adicionar suporte para outras configurações do cliente: link
Is there a way around it? Is it not yet possible to control Docker containers on A from a Docker GUI on B?
Não há limitação de design inerente ao Kitematic nem ao Docker para evitar isso. Isso simplesmente se resume ao fato de que ainda não foi implementado no Kitematic.
A maioria das GUIs por aí tendem a ser GUIs baseadas na web. O Universal Control Plane, o Docker Cloud e o Shipyard vêm à mente. Nenhum destes é realmente análogo ao Kitematic, no entanto. Com isso dito, eles são todos tecnicamente GUIs que permitem gerenciar um (ou mais) mecanismo remoto do Docker.