Geralmente, os arquivos que podem ser limpos são determinados automaticamente pelo Automake. Claro, o Automake também reconhece algumas variáveis que podem ser definidas para especificar arquivos adicionais para limpeza. Essas variáveis são MOSTLYCLEANFILES , CLEANFILES , DISTCLEANFILES e MAINTAINERCLEANFILES .
Editando seu automake.am para especificar o que será excluído.
Se configure o criou, distclean deve excluí-lo.
Resposta curta
make distclean (não funciona em TODOS os programas, mas a maioria) removerá TODOS os arquivos feitos por ./configure e TODOS os arquivos feitos por make