I have also removed the
~/.local/share/applications/mimeapps.list
file and the issue still persists.
Há provavelmente outro mimeapps.list
em outro lugar no sistema. Você pode acessar a lista aqui ou pesquisar em seu sistema com um dos seguintes comandos:
locate mimeapps.list
ou
find / -name 'mimeapps.list'
Verifique se há alguma entrada de application/octet-stream
nelas e comente-as ou remova-as.