Você não precisa copiar todos os arquivos de diretório incluídos, você deve copiar somente a estrutura da árvore com o comando
xcopy SourceDir DestinationDir /T /E
onde
/e
Copies all subdirectories, even if they are empty. Use /e with the /s and /t command-line options./t
Copies the subdirectory structure (that is, the tree) only, not files. To copy empty directories, you must include the/e
command-line option.
Referência
- O site technet da Microsoft para o comando xcopy
- O fórum de mswindows sobre essa questão específica