Por padrão, o IFS é definido como espaço, é por isso que sua string está sendo dividida em espaços. Basta configurá-lo para a nova linha com o seguinte código:
IFS_BAK=$IFS
IFS="
"
for line in $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS; do
whatever $line
done
IFS=$IFS_BAK