Primeiro, você não precisa fazer o login para remote_machine (1) em duas etapas: o seguinte comando
ssh -t me@universitygateway ssh me@remote_machine(1)
fará isso por você, se você tiver ativado (como parece entender) o login sem senha.
Quanto ao scp'ing, você pode fazer da seguinte maneira:
scp -o ProxyCommand="ssh me@universitygateway nc remote_machine(1) 22" remote_machine(1):/path/to/file/to/download .