Seu $PATH não contém ~/bin , e é por isso que não funciona. Tem certeza de que a segunda instrução é executada corretamente?
Você pode criar o link simbólico com segurança em outro lugar, por exemplo, em /usr/local/bin :
sudo ln -s "/Applications/Sublime Text 2.app/Contents/SharedSupport/bin/subl" /usr/bin/subl