O comando relevante é:
defaults -currentHost write .GlobalPreferences com.apple.mouse.swapLeftRightButton -bool true
(ou "false" para configurá-lo de volta ao normal.) No entanto, , não conheço uma maneira de fazer com que a configuração entre em vigor sem fazer logout & de volta, o que geralmente é mais problemático do que usar as Preferências do Sistema para fazer a alteração.