Você fornece muito poucas informações sobre seu ambiente e configuração, para que eu possa ajudar você mesmo.
Compare as seguintes opções para os dois arquivos JavaScript diferentes:
:verbose setlocal syntax? filetype?
Em seguida, verifique a lista de :autocmd
para qualquer padrão que possa ter como alvo o arquivo JavaScript problemático. Você usa um plugin vimrc local ? Isso pode afetar isso também.
Se tudo isso não fornecer uma pista, capture a sequência de comandos com
:set verbose=20 | edit a.js
e cuidado com os comandos que afetam o 'syntax'
.