Formatar - aplica-se a arquivos
Protocolo- aplica-se a comunicações
Em ambas as instâncias, você está falando sobre o índice de vários bytes em um fluxo e o que eles devem representar.
O protocolo pode se envolver mais, pois muitos protocolos funcionam em uma forma de "solicitação-resposta" em que o cliente emite uma solicitação bem formada e, em seguida, um servidor responde com uma resposta bem formada. Portanto, pode haver um esquema diferente para solicitação, resposta. As solicitações podem alterar o "estado" do cliente ou do servidor e, portanto, o esquema pode ser diferente novamente, de acordo com um estado específico.
Os formatos de arquivo geralmente seguem sempre o mesmo esquema, a menos que sejam uma versão diferente, embora também possam ser complexos - bytes posteriores em um formato de arquivo podem depender de bytes anteriores (o formato de arquivo .PST ou o formato de seção Registro do Windows , por exemplo).