Para contas IMAP, as pastas off-line são ativadas por padrão, portanto, uma cópia de todo o correio é mantida localmente.
Para desativá-lo:
- vá para Configurações da conta - > Sincronização & Armazenamento e desmarque "Manter mensagens para esta conta no computador".
- em Configurações da conta - > Configurações do servidor, anote o "diretório local" relevante.
- sair do Thunderbird
- nesse "Diretório local" e nas subpastas, exclua os arquivos da caixa de correio (os arquivos sem extensão). Mas mantenha os arquivos de índice .msf e os arquivos .sdb.
Você também pode desativar a "Pesquisa global e o indexador" em Preferências - > Avançado - > Geral.
Veja link para mais detalhes.