Basta aplicar atualizações do sistema regularmente, especialmente aquelas marcadas como atualizações de segurança. O Ubuntu 16.04.1 LTS vem com o kernel 4.4.0-31 (que já é mais novo que o 4.4.0-29, a última versão do kernel para ter esta vulnerabilidade), e atualmente (3-Dez-2016) o kernel para 16.04 está no 4.4.0-51.