Se você fez copiar todos os arquivos em qualquer disco rígido, então você também teria copiado seu sistema operacional e, mais importante, seus arquivos de usuário.
O Registro do Windows pode ser entendido como tendo duas partes principais: a parte que todo usuário nessa máquina tem em comum e a parte que cada usuário tem individualmente. Se todos os arquivos foram copiados, tudo funcionaria tão bem quanto na máquina anterior 1 .
No entanto, na maioria das vezes, os usuários fazem backup apenas dos "Arquivos de Programas" e da pasta "Documentos do Usuário". Esses locais não possuem os arquivos que armazenam as entradas do Registro associadas aos programas armazenados em Arquivos de Programas. Esses locais podem ser encontrados neste artigo Wikipedia .
O principal problema aqui é que esses programas podem depender de quaisquer valores existentes no registro da máquina atual e esses valores são criados ao instalar os programas .
Assim, se você fez o que a maioria dos usuários faz quando copia o disco rígido, você precisa reinstalar os programas porque, como dito, as entradas do Registro necessárias para o funcionamento dos programas não aparecem.
1 - Se as máquinas também fossem idênticas, nesse caso os drivers também seriam.