Depois de pesquisar isso, a maneira como eu resolveria o problema seria descompactar todos os arquivos, criar uma lista de todas as somas do sha256 (ou qualquer hash que você preferir) e compactar todos os arquivos juntos em um único arquivo. Eu estaria inclinado a usar um arquivo tar.gz para velocidade e facilidade de uso, mas você poderia usar zip, ou bzip, 7zip, xz ou outra coisa, se você quer um arquivo menor. Compactar todos os arquivos em um único grande economizará bastante espaço por si só.
Quando isso for feito, use 'par2' para criar redundância e verificação para o arquivo compactado e fazer o backup do arquivo junto com os arquivos .par2. (Eu não joguei muito, mas o objetivo do par2 é criar um arquivo que crie redundância (PARity) para reforçar a integridade dos arquivos.