Se isso está sendo causado por um processo desonesto com uma janela 100% transparente, então pode valer a pena tentar WinSpy ++ .
Ele mostra uma lista de todas as janelas atualmente abertas (geralmente muito menos do que o número de processos). Ele tem uma opção Oculto no Windows , mas não consegui descobrir exatamente o que isso faz.
Teoricamente, você deve ser capaz de arrastar a Ferramenta do Finder por uma área e mostrar a você qual janela está por baixo. No entanto, testei uma janela invisível e não a localizei. No entanto, apareceu na lista de janelas.
Se você suspeitar de uma janela, clique com o botão direito do mouse na lista e escolha Fechar janela, Enviar para trás etc.
Eu não consegui testar em um sistema de 64 bits, mas o programa parece funcionar no Windows 7 de 32 bits pelo menos.