A Microsoft aconselha a não , mas eles podem estar falando apenas sobre os administradores que o movem através do Windows ADK :
By changing the default location of the user profile directories or program data folders to a volume other than the system volume, you cannot service your Windows installation. Any updates, fixes, or service packs cannot be applied to the installation. We recommend that you do not change the location of the user profile directories or program data folders.
Ele não especifica se isso ainda se aplica se você movê-lo com um symlink. Eu pensaria que a Microsoft teria pensado nessa possibilidade ao fazer a recomendação geral para não mover os dados do usuário, mas eu pensaria em muitas coisas.
Na verdade, a terminologia que eles usam para falar sobre como movê-lo não é normal - eles falam sobre "a configuração ProgramData" em vez de "% ProgramData%". Eles parecem estar falando exclusivamente sobre como mover o diretório usando o Kit de Avaliação e Implantação do Windows (Windows ADK), do qual eu nunca ouvi falar.