Ter "." no caminho leva a comandos magicamente aparecendo e desaparecendo. cd em algum lugar e seu comando inicia ou pára de funcionar. É óbvio que você estava ficando sem "." se o comando for "./doit" do que se o comando for "doit". O mesmo problema se aplica a ".." e a qualquer caminho que comece com "./" ou "../" e qualquer outro caminho relativo.
Para comandos pessoais, recomendo $ HOME / bin. De lá eles podem migrar para / usr / local / bin se forem úteis o suficiente.
EDIT: Como aludido na resposta aceita, arquivos executáveis (programas) no diretório atual podem fazer coisas terríveis ao seu sistema. Se eles tiverem o mesmo nome que um comando comumente usado, é relativamente fácil para eles serem acionados alterando para o diretório que os contém. Sabe-se que pessoas mal-intencionadas escrevem esses programas com a intenção de causar danos. A execução acidental de tais programas pode ser mitigada colocando a entrada do caminho relativo no final da lista PATH. Programas nomeados com erros ortográficos comuns de comandos comuns ainda podem ser acionados.