Eu fiz a pergunta em forums.mozillazine.org e obtive a solução de Lee_Dailey :
Moving your mail storage location - Thunderbird - MozillaZine Knowledge Base
No meu caso eu copiei tudo de AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\myprofile\ImapMail
para AppData\Local\Thunderbird\Profiles\myprofile\ImapMail-nonRoaming
, mudei os caminhos nas opções do Thunderbird, reiniciei, verifiquei que funcionava e depois deletei a pasta antiga.