NTFS / EFS certamente pode fazer isso. Vá para c: \ users, clique com o botão direito do mouse no diretório do seu nome de usuário, Propriedades, aba Geral, botão Avançado. Marque Encriptar conteúdo e, em seguida, clique em OK. Claro, tome a opção de criptografar todo o conteúdo.
Qualquer coisa sendo executada na sua conta poderá ver o conteúdo de forma transparente, como se não estivesse criptografada; qualquer coisa que não esteja sendo executada na sua conta, não será. Não excluindo contas do "sistema". Tentativas de ler os arquivos de outros contextos não verão o conteúdo criptografado; as aberturas simplesmente falharão.
A criptografia usa (a partir do XP SP1 e posterior) AES256 com uma chave de sessão exclusiva para cada arquivo. (As informações que você encontra na web sugerindo que ele usa DES ou DES-X estão desatualizadas.) A chave de sessão é armazenada no cabeçalho do arquivo, criptografada com a chave pública de um par de chaves assimétricas do certificado de criptografia EFS, que você só pode acessar se estiver logado como você.