O comando para reiniciar o seu PC é
shutdown.exe /r /t 00
- / r é o interruptor para reiniciar o / s significa shutdown
/ h é para hibernar - / t XX é o tempo em segundos para esperar até que o comando seja executado
Sua pasta de inicialização pode ser acessada por meio de uma variável de ambiente
%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Seu arquivo em lotes para criar outro lote nessa pasta com um comando específico pode ser semelhante a
set command=shutdown.exe /r /t 00
echo %command% > "%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\restart.bat"