Eu também tive esse problema. Isso estava acontecendo porque o diretório onde marcas rápidas deveriam ser salvas não existia. Para descobrir onde isso está no seu sistema, execute este comando pentadactyl:
:js alert(storage.infoPath.path)
Basta criar essa pasta e as marcas rápidas devem se tornar persistentes.
Por exemplo, no linux
mkdir -p ~/.pentadactyl/info/default
no windows
mkdir %USERPROFILE%\pentadactyl\info\default