Você não especifica exatamente como está abrindo um arquivo a partir da linha de comando, mas o comportamento padrão para emacsclient é, na verdade, o oposto: ele reutiliza um quadro. Na documentação emacsclient em gnu.org , a opção -c é usada para obter o comportamento que você parece ter por padrão.
-cCreate a new graphical frame, instead of using an existing Emacs frame. Emacs 23 can create a graphical frame even if it was started in a text-only terminal, provided it is able to connect to a graphical display. If no graphical display is available, Emacs creates a new text-only terminal frame (see Frames). If you omit a filename argument while supplying the ‘-c’ option, the new frame displays the ‘scratch’ buffer (see Buffers).
Posso confirmar que é assim que funciona no meu sistema, que é de poucas rotações: GNU Emacs 23.2.1 (x86_64-apple-darwin, NS apple-appkit-1038.29) of 2010-05-08 on black.local"
Eu verificaria se você está usando o emacsclient que acompanha seu emacs e se não está enviando inadvertidamente -c .