O IIS cria as pastas W3SVCx após a primeira solicitação para um site recém-criado; ele também define as permissões NTFS, independentemente das permissões da pasta pai e de suas configurações de herança. As permissões definidas são:
NT AUTHORITY\SYSTEM:(OI)(CI)(F)
BUILTIN\Administrators:(OI)(CI)(F)
Eu não sei de nenhuma maneira de dizer ao IIS para não fazer isso. Você precisa lembrar que depois de configurar um novo site, clique nele uma vez e defina as permissões na pasta de log.
Se você configurar muitos sites, use um script. Eu uso o PowerShell:
New-WebSite -Name "peter.superuser.com" -port 80 -id 106 -PhysicalPath "C:\inetpub\peter.superuser.com" -HostHeader peter.superuser.com
(New-Object System.Net.WebClient).DownloadString("http://peter.superuser.com")
start-sleep -seconds 1
& icacls.exe "C:\inetpub\logs\LogFiles\W3SVC106" /Q /grant "BUILTIN\Users:'(OI')'(CI')'(RX')"
Primeiro, criei o site, acesse a página inicial, espere um segundo e defina as permissões na pasta de log.
Se você não souber o ID do site em avançado, use
$newId = (get-childitem IIS:\Sites | where{$_.Name -eq "peter.superuser.com"}).Id
& icacls.exe "C:\inetpub\logs\LogFiles\W3SVC$newId" /Q /grant "BUILTIN\Users:'(OI')'(CI')'(RX')"
para obter o ID depois de criar o site.
Para usar isso, você precisa habilitar o script para o IIS, dependendo do seu sistema operacional.