"apenas atualiza as coisas da Microsoft."
Você mesmo disse, apenas atualiza o software da Microsoft. O Windows é um sistema operacional de código fechado, não uma "loja de aplicativos". Eles não estão no negócio de atualizar software de fornecedores concorrentes. Especialmente Oracle (Java) e Adobe (Flash), como seus produtos competem diretamente com as ofertas da Microsoft.
Aceitar vários locais de atualização é algo com o qual você terá que lidar.