Claro que pode. Qualquer software com vulnerabilidades pode ser usado como uma porta dos fundos.
No entanto, a maioria dos hackers não procura especificamente o IIS porque não é um alvo muito grande. Eles preferem ir para o que toneladas e toneladas de pessoas vão usar em seu dia normal, porque é apenas mais fácil. Contanto que você mantenha seu software atualizado e seus arquivos salvos em backup e criptografados, tudo bem.