Nas preferências do teclado, há um botão "Teclas modificadoras" que permite trocar as teclas modificadoras. Eu uso um teclado de PC com meu Mac e ele lembra a escolha do meu teclado e do teclado do laptop.
Estou assumindo que seu problema é que as teclas modificadoras à direita da tecla space não trocam suas funções depois de usar essa preferência?
Eucostumavausarumaplicativodepreferênciachamado