Muitas vezes, é nas montagens lado a lado do Windows. Minha pasta c: \ windows está mostrando 18GB usados, quando na verdade é metade disso. (Só tenho um computador novo, o antigo mostrou mais de 30GB) Se é onde o espaço é usado, ele não está realmente usando muito, é a maneira como o Windows conta os links que os arquivos usam.
Links físicos são usados para apontar para o mesmo arquivo muitos vezes diferentes, em vez de realmente hospedar o arquivo: IE, tem uma cópia de uma DLL e, em seguida, 5 outros pontos onde aponta para a mesma DLL. (mas apenas aponta para isso). Dessa forma, eles podem facilmente apontar para diferentes versões de DLL sem o espaço desperdiçado de armazená-los todos. A maneira como o Windows conta o espaço em disco usado, contaria todas as 6 instâncias da DLL. Eu vi onde a pasta do Windows ocupa mais de 80% do espaço da unidade quando você olha para ela, mas apenas 50% da unidade é usada.