Eu não sei de uma extensão semelhante, mas em Ferramentas - > Opções da Internet - > Acessibilidade você pode especificar uma folha de estilo de usuário para usar.
Isso é muito mais limitado do que algo como Stylish, pois essa folha de estilo seria global para todos os sites que você usaria no IE, mas poderia ser útil para seu site específico, especialmente se eles tivessem uma classe de corpo com escopo definido ou algo assim suas alterações nesse site.
Salve os estilos desejados em um arquivo .css e aponte para ele na caixa de diálogo Propriedades de acessibilidade.
Como Stylish, talvez seja necessário lembrar de usar !important para substituir os estilos de site existentes.