Experimente o plugin do IE-View para o Firefox. Ele permite que você especifique URLs que devem ser abertos com o IE.
Por exemplo, posso abrir o internalurl.com/sharepoint/ no Internet Explorer ao abrir outros URLs no meu navegador padrão? Estou usando o Windows XP.
Tente Seletor de navegador .
Ele permite que você selecione com qual navegador os links de programas externos (incluindo o Explorer, gerenciando a área de trabalho) devem ser abertos.
Existe uma opção para sempre abrir URLs de intranet com um navegador específico (ou seja, no seu caso, para SharePoint).
A única maneira de fazer isso seria criar atalhos individuais para os links que você não deseja abrir no navegador padrão. E, mesmo assim, só funcionaria quando você clicasse nesses atalhos para abri-los.