Com o utilitário Sysinternals, o Firefox em outro desktop é executado como um processo diferente, como se você tivesse executado como:
firefox.exe -no-remote
(Esse uso também será usado se você tentar usar o mesmo perfil duas vezes, mesmo que não esteja executando Desktops ).
Parece que o Firefox está usando mensagens do Windows para determinar se já existe uma instância do Firefox em execução e não encontra nada na mesma área de trabalho , portanto, inicia uma nova instância.
E é por isso que você não pode usar o mesmo perfil.
Eu estou supondo que o IE8 funcione de forma diferente (possivelmente porque ele usa vários processos de qualquer maneira) e usa algum mecanismo de comunicação que funciona em vários desktops.
O IE8 provavelmente coordena todo o acesso aos dados do usuário (perfil) através de um único processo; O Firefox não, portanto, ele evitará vários processos usando o mesmo perfil para evitar a possibilidade de corrupção de arquivos.
Alternativa
O VirtuaWin , disponível gratuitamente no Sourceforge, faz essencialmente o mesmo trabalho e funciona do jeito que você esperaria com o Firefox - várias janelas do Firefox em vários desktops, todos da mesma instância do Firefox com o mesmo perfil.