Eu passei por um processo formal de verificar isso há alguns anos atrás. Eu precisava copiar os despejos de backup do MS-SQL de escritórios regionais (30!) Para o HQ por meio de VPNs baseadas em banda larga e tentei todas as permutações de compactação e não-compactação.
No meu caso, os arquivos descompactados transferiram o mais rápido usando o rsync com sua própria compactação. Os tamanhos dos arquivos eram tipicamente 4-9GB de dados despejados e alguns deles seriam sincronizados em poucos minutos.
Se os dumps de dados foram compactados, o rsync praticamente transferiu os arquivos inteiros todas as vezes e isso levou horas.
Vale a pena fazer alguns testes com seus dados, mas suspeito que você ache melhor deixar os arquivos como estão para o rsync resolver.