A funcionalidade RAID na BIOS e a funcionalidade RAID no SO são independentes umas das outras.
Se você configurar o RAID1 no BIOS, o controlador RAID da placa-mãe fará o espelhamento e a exibirá no SO (Windows ou outro) como uma única unidade.
O sistema operacional não precisa fazer nada especial para usar ou gerenciar o RAID (o controlador RAID faz isso), portanto, ele é independente do sistema operacional.
O espelhamento / divisão / distribuição no Windows é o nível do SO / software e geralmente é usado quando não há nenhum controlador RAID de hardware disponível. Nesse caso, o sistema operacional é responsável e você teria dificuldade em ter o Linux e o Windows usando o mesmo espelho, pois ambos tentariam controlá-lo de maneira diferente.
Portanto, ligue-o na BIOS e espere apenas ver uma unidade ao instalar um sistema operacional compatível com o controlador RAID de firmware. :)