O kdirstat é um programa semelhante para o KDE. Na pior das hipóteses, se você não quiser fazer isso manualmente, provavelmente poderá emprestar o código ou até mesmo hackear uma solução GUI / saver automatizada usando o DBUS.
De qualquer forma, o tipo de gráfico gerado que você está procurando é chamado de "Treemap", então isso deve ajudá-lo a rastrear algo. Confira o link
Atualização: parece que existem bibliotecas de python e ruby:
link
Presumivelmente, você só precisa ler as entradas do diretório, agrupá-las hierarquicamente (provavelmente de qualquer maneira que seja mais natural ao seu idioma de escolha; listas e dicts em python, suponho) e, em seguida, chamar a biblioteca para gerar sua saída gráfico. Mas isso é um palpite; leia os documentos:)