Os erros que você está enfrentando são provavelmente danos no nível do sistema de arquivos e não problemas físicos com a unidade. Se houver erros de CRC ou outras coisas com as unidades, você obterá erros de disco no Visualizador de Eventos.
Uma coisa que pode fazer com que os programas sejam impossíveis de serem eliminados através do gerenciador de tarefas, provavelmente estão presos em algum lugar no kernel. Geralmente isso significa que um driver de dispositivo está com defeito. Não sei quais tipos de drivers o iTunes instala, mas pode ser um problema. Tente atualizar seu iTunes para a versão mais recente, se possível. Eu poderia imaginar que alguns tipos de software que monitoram seu disco quanto a alterações também poderiam causar um problema.
Além disso, tente ver se você possui os drivers mais recentes para o seu chipset e tente atualizar seu BIOS para a versão mais recente.
EDIT: O Windows também suporta coisas como "filtrar" drivers de dispositivo que interceptam leituras e gravações indo para drivers de dispositivos físicos. Se houver um problema com um driver de filtro, ou seja, ele estiver parado esperando alguma coisa, o sistema poderá congelar. O PxHelper.sys
do Nero (ou algo parecido) é um exemplo de um driver comumente conectado ao driver de dispositivo de CD-ROM.
Um possível software que faria isso para um disco rígido incluiria software antivírus, software de criptografia, possivelmente alguns tipos de software de backup, Windows AIK e malware