Após o login com ssh , execute:
env DISPLAY=:0.0 gnome-session-save --logout
Isso forçará um logout na máquina remota, como se você tivesse efetuado logout no menu (mas sem avisar). Talvez seja necessário executar com --force-logout se houver um aplicativo com, por exemplo, trabalho não salvo, que impediria um logout limpo.