Ok, se bem me lembro, você pode usar o comando
xset m X Y
Com X e Y sendo dois valores diferentes, Acceleration e Threshold, eu acredito. Essas configurações mudam depois de uma reinicialização, então você teria que adicioná-las a um script de inicialização. Uma pesquisa rápida diz que este comando lhe dará seu valor atual no Ubuntu, mas não estou em um local que eu possa tentar agora.
xset -q | grep accel
Além disso, se você olhar no seu arquivo Xorg.conf sob a seção para mouse você verá um título de opção "Resolution" aumentando este número para aumentar a velocidade do mouse também.