O slide do Inkscape faz praticamente o que você está procurando: dado um conjunto de camadas, ele criará um pdf a partir delas ( Eu diria que é ainda melhor do que a saída ppt). Como diferentes páginas de saída são compostas podem ser livremente configuradas através de uma camada de configuração. Ele precisa do pypdf instalado.
E com o TeXText você pode até incluir texto ou figuras do LaTeX. Lucro!