Os argumentos da linha de comando do FFmpeg são sensíveis à posição, então talvez você não esteja adicionando-os na posição correta. Tente colocar essas opções antes da entrada. Exemplo:
ffmpeg -reconnect 1 -reconnect_at_eof 1 -reconnect_streamed 1 -reconnect_delay_max 2 -i input -c:v copy -c:a copy outputfile.m3u8
O intervalo 'reconnect_delay_max' é [0 - 4294]
Funcionou para mim.