Na janela do Sandboxie Control, sob a guia Configure, deve haver uma opção chamada Windows Shell Integration, clicando nela abrirá uma nova janela. Nesta nova janela você pode encontrar um botão chamado Adicionar ícones de atalho, então você será solicitado a escolher um sandbox e um programa a partir do menu Iniciar do sandbox escolhido, que criará um atalho para executar esse programa no Sandboxie.