Eu também estava confuso com isso. Falei com um desenvolvedor no Docker e eles afirmaram o seguinte:
The 'secrets mgmt' listed isn't 'secrets' itself. secrets is part of the open source project and definitely part of CE. The pricing page will be revised, sorry for the confusion.
Portanto, parece que os segredos permanecerão e a versão do EE terá uma versão mais robusta.
Espero que isso ajude.