Você pode estar interessado em este artigo de Lou Montulli, engenheiro fundador da Netscape. Uma citação dele:
I had heard the term "magic cookie" from an operating systems course from college. The term has a somewhat similar meaning to the way Web Cookies worked and I liked the term "cookies" for aesthetic reasons. Cookies was the first thing I came up with and the name stuck.
EDIT: Eu cavei um pouco mais fundo tentando encontrar a verdadeira origem do nome. Eu encontrei este artigo na biblioteca acm que usa a mesma fonte que o artigo da Wikipedia Magic Cookie para explicar que é um termo no jargão dos hackers. Quanto ao motivo pelo qual o termo apareceu no jargão do hacker eu encontrei esta discussão também na Wikipedia, que aponta para razões muito diferentes: Por exemplo, fala sobre uma referência ao LSD na tira de desenhos animados de Dan O'Neil, "Odd Bodkins". Também fala sobre uma referência a biscoitos da sorte. Ou até fala sobre o Cookie Monster. Bem, parece que ainda não está claro qual era o contexto original da palavra Magic Cookie .