Depois de pesquisar um pouco mais sobre essa solução, descobri uma solução alternativa. Estou mapeando o Ctrl + BackSpace para outra combinação de teclas e então estou mapeando essa nova combinação para o comportamento desejado no meu GNU Emacs.
Para conseguir isso, adicione isso a ~ / .Xdefaults (ou o que sua distro usar para isso):
URxvt.keysym.C-BackSpace: 3[33~
Vou deixar essa questão em aberto até que apareça uma alternativa apropriada (uma que faça o urxvt simplesmente ignorá-la).
BÔNUS
Para mapear essa nova ligação de chaves no GNU Emacs, você pode usar a função describe-key (normalmente Ch k ) e digitar Ctrl + BackSpace para descobrir como editor está vendo essas coisas. No meu caso, era "S -" . Para alcançar o comportamento desejado, no meu caso, adicionei isso a ~ / .emacs :
(global-set-key (kbd "S-<f9>") 'backward-kill-word)