A partir de tty1 você pode usar o seguinte comando para reiniciar apenas a GUI, sem reiniciar o sistema:
sudo service lightdm restart
ou
sudo service lightdm stop
sudo service lightdm start
Outro comando útil neste caso pode ser:
xkill # or xkill -all
(Veja man xkill
para conhecer como funciona) e você pode criar um atalho de teclado para xkill
então você não precisa ir em tty1 para usá-lo.